E' con tutta probabilità la più antica abbazia della Vallesina; la sua origine si prò far risalire a prima del mille e collegata alla primitiva immigrazione di monaci nella valle dell'Esino. La dedicazione a S. Apollinare, vescovo di Ravenna, è un eco del dominio ravennate-bizantino del VI-VII secolo in un territorio divenuto poi zona di confine tra bizantini e longobardi.
Conobbe il massimo splendore nei secoli XII-XIV, mentre nel Quattrocento iniziò un lento decadimento. Da allora non mancarono interventi che cambiarono il volto dell'antica struttura. Solo in tempi più recenti, nel 1968 e nel 1973, più oculate operazioni di restauro hanno fatto recuperare all'abbazia l'autentica fisionomia romanico-gotica.
L'affresco absidale del 1508, scoperto durante i lavori di restauro e recuperato nel 1974 togliendo un sovrastante dipinto ad olio del secolo XVIII, è stato attribuito ad Arcangelo di Andrea di Bartolo da Jesi (1518).
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